La crise liée à la pandémie de Covid-19 illustre les impacts majeurs que peut avoir l’émergence de nouveaux organismes vivants responsables de maladies, dits pathogènes, dans notre société, sur les plans sanitaire, économique et social. Mais elle soulève également de nombreuses questions sur son origine, sa dynamique et les mécanismes qui l’expliquent. Quels liens existe-t-il entre les atteintes à la biodiversité et aux écosystèmes et les crises sanitaires épidémiques ? Comment éviter les futures pandémies ?

Actualités

Le Congrès mondial de la nature qui s’est déroulé à Marseille du 3 au 11 septembre 2021 s’est saisi de cet enjeu à travers trois temps forts :

  1. Une soirée consacrée à la santé de la biosphère, animale et des écosystèmes et à l’approche « Une seule santé » pour prévenir les pandémies ;
  2. Un dialogue de haut niveau qui a permis de mettre en avant les initiatives françaises.
  3. Le vote d’une « motion », texte proposé par la France et affirmant la mobilisation de l’Union internationale de la conservation de la nature et de ses membres autour de l’approche « Une seule santé », pour prévenir les pandémies en préservant les écosystèmes et la biodiversité.

Parties prenantes : ministère de la Transition écologique, Institut de recherche pour le développement (IRD), Programme de travail conjoint de l’Organisation mondiale de la santé (OMS) et de la Convention sur la diversité biologique (CBD), Université de Pretoria, Groupe d’experts de haut niveau One Health (Ohhlep) sous l’égide de OMS-FAO-OIE-PNUE.

Ce sujet sera également à l’ordre du jour de la 15e conférence des parties à la Convention pour la diversité biologique qui se tiendra à Kunming en Chine au cours de l’été 2022.

Au niveau de la recherche, l’initiative internationale PREZODE se poursuit afin de mieux prévenir les épidémies.

De quoi parle-t-on ?

Une épidémie est la propagation rapide d’une maladie à un grand nombre de personnes d’une région donnée. Par exemple, on parle d’épidémie de grippe ou de gastro-entérite. Lorsque cette propagation est à l’échelle de la population d’un continent, voire de la planète, on parle de pandémie. C’est le cas de la peste noire, de la grippe espagnole, etc.

Une épidémie est d’origine infectieuse quand elle est provoquée par une bactérie, un virus, un champignon ou encore un parasite. Si cet agent pathogène se transmet naturellement des animaux vertébrés (mammifères, oiseaux, poissons, amphibiens, reptiles) à l’Homme, c’est une zoonose. C’est le cas du virus Ebola, par exemple.

Et la Covid-19 ? L’épidémie liée au coronavirus SARS-CoV-2, qui provoque la maladie dite de la « Covid-19 », s’est propagée dans le monde : il s’agit également d’une pandémie, et comme elle a été transmise d’un animal réservoir (vraisemblablement la chauve-souris) à l’Homme, c’est aussi une zoonose.

Les micro-organismes sont donc naturellement présents dans l’environnement. Mais ils jouent aussi un rôle essentiel dans l’équilibre complexe des écosystèmes, et beaucoup sont bénéfiques pour leurs hôtes.

Ce sont les activités humaines qui favorisent un plus grand contact des individus avec les agents pathogènes, augmentant ainsi le risque de contamination, et favorisant l’émergence de pandémies.

Les zoonoses, une vieille histoire

L’existence des maladies infectieuses d’origine animale, ou zoonoses, est connue depuis au moins le Néolithique, période de sédentarisation de l’Homme et de développement de l’agriculture et de l’élevage.

À cette époque, les agents pathogènes présents dans les sols manipulés contaminent directement les agriculteurs, provoquant des maladies comme le tétanos, la tuberculose ou la lèpre. Les animaux commensaux, hôtes habituels des maisons, comme les rats, les souris ou les chauves-souris, apportent également des bactéries comme celle de la peste.

La concentration des animaux d’élevage, issus des troupeaux sauvages, et leur promiscuité avec les éleveurs, facilitent le passage microbien au sein des populations sédentaires.

Comment se fait la transmission ?

La transmission de l’agent pathogène peut se faire de différentes façons :

  • lors d’un contact direct entre un animal (réservoir du pathogène, animal sauvage, ou hôte intermédiaire comme les animaux domestiques) et un être humain ;
  • par l’intermédiaire de l’environnement, que ce soit par l’eau (bactéries et virus entériques) ou les sols (tétanos, maladie du charbon, etc.) ;
  • par la consommation d’aliments d’origine animale contaminés, ou par les déjections animales (salmonelles, toxoplasme, ver parasite comme l’anisakis, etc.) ;
  • par l’intermédiaire d’un animal vecteur (moustique, tique, etc.), comme dans le cas de la maladie de Lyme ou du virus West Nile.

Certains pathogènes d’origine zoonotique peuvent acquérir la capacité de se transmettre directement d’Homme à Homme, sans passer par l’animal. Le pathogène perd alors son caractère strictement zoonotique. C’est le cas par exemple de certains virus de la grippe ou du coronavirus Sars-CoV-2, responsable de la Covid-19.

Des zoonoses plus fréquentes ces dernières décennies

Ces dernières décennies, de nouveaux agents infectieux apparaissent de plus en plus fréquemment, avec environ deux à trois nouveaux agents infectieux émergents en moyenne par an.
La fréquence d’apparition des maladies infectieuses, en particulier d’origine animale, ou zoonotique, a également augmenté depuis le début des années 1980.
Ainsi, avant le XXe siècle, le monde vivait une pandémie par siècle environ. Depuis le début du XXIe siècle, six se sont déjà produites : SRAS, grippe A H1N1, MERS-CoV, Zika, Ebola et Covid-19.

Les activités humaines amplifient la multiplication et la diffusion des zoonoses

L’Homme a toujours modifié son environnement. Mais avec une croissance constante de sa population et un usage des ressources toujours plus grand, les pressions associées aux activités humaines s’accélèrent : agriculture, urbanisation, activités extractives, industrielles, etc.

L’organisation des Nations unies pour l’alimentation et l’agriculture (FAO) dresse un état des lieux de la situation des forêts dans le monde

L’organisation des Nations unies pour l’alimentation et l’agriculture (FAO)

Les conséquences sont à la fois une atteinte sans précédent des écosystèmes naturels (forestiers, zones humides, etc.) qui abritent la biodiversité, une disparition massive des espèces animales sauvages, mais également un renforcement des contacts entre les humains, les animaux domestiques ou d’élevage et la faune sauvage. Cette pression anthropique étant croissante sur les écosystèmes, dans un contexte de changements climatique et environnemental globaux, les maladies zoonotiques continueront d’émerger à l’avenir.

1 - Les activités humaines, responsables de la perte de biodiversité sont multiples

La déforestation et le changement d’affectation des terres

La déforestation, particulièrement présente dans les forêts des régions intertropicales, en Asie, en Afrique et en Amérique du Sud, induit une plus grande incursion des humains dans les forêts, augmentant les interactions entre les humains, les animaux domestiques et les animaux sauvages et favorisant la mise en contact avec les micro-organismes.
En outre, la déforestation, par la perte et la fragmentation de nombreux habitats, modifie l’équilibre entre les espèces. Ses effets sont également accentués par le changement climatique et les événements climatiques extrêmes, modifiant les régimes des saisons et des pluies et pouvant favoriser la prolifération des vecteurs.

Le changement d’usage des terres au bénéfice de l’agriculture, des plantations mono-spécifiques, et des activités extractives a un effet sur l’accroissement du nombre d’épidémies d’origine zoonotique dans les zones initialement forestières.

L’accroissement de l’élevage

La croissance de la consommation mondiale de viande a entraîné une multiplication par 6 en 50 ans de la production animale. Pour répondre à la demande, les élevages sont devenus de plus en plus grands et denses. La diffusion rapide et à grande échelle d’agents zoonotiques est favorisée.

Les élevages se rapprochent aussi des habitats naturels, cette proximité avec la faune sauvage favorisant l’adaptation, via les espèces domestiques, des agents pathogènes à l’humain.

Le développement urbain, créateur de contacts entre faune sauvage, animaux domestiques et êtres humains

La pression démographique très forte, en particulier en Asie et en Afrique, s’accompagne d’un très fort développement des villes, au détriment des écosystèmes naturels, en particulier des zones forestières. La circulation des micro-organismes entre les humains, les animaux domestiques et sauvages s’en trouve facilitée.
Les centres urbains deviennent alors des points de départ pour l’émergence de maladies et la multiplication d’épidémies.

Le commerce international et le trafic d’espèces sauvages

Le braconnage et le trafic d’animaux sont devenus la troisième source de revenus illégaux au niveau mondial, après le trafic de drogues et la prostitution. Ils génèrent une dérégulation des contacts entre animaux et humains et des mélanges d’espèces dans des conditions sanitaires incontrôlées, favorisant la propagation de pathogènes zoonotiques.

Les infrastructures humaines, diffuseurs - transporteurs des épidémies

Les infrastructures humaines, associées à de forts impacts environnementaux, ont connu un très fort développement ces dernières décennies, en particulier les routes, barrages et activités minières, mais aussi les transports aériens ou maritimes.
Elles génèrent un accroissement de l’incursion des humains dans les habitats naturels, et une dégradation des écosystèmes, facilitant la mise en contact entre populations humaines et réservoirs de pathogènes, et ainsi l’émergence, puis la diffusion, de zoonoses.

2 - La perte de biodiversité et des écosystèmes favorise le développement des pathogènes

Moins de biodiversité ne signifie pas forcément moins de risque de transmission de maladie. Lorsque la biodiversité est variée et riche, certaines espèces animales peuvent être infectées par un agent pathogène et le transmettre : elles sont des réservoirs. D’autres espèces sont des « culs-de-sac » puisqu’elles sont parfois infectées mais ne transmettent pas l’agent pathogène : la chaîne de transmission s’arrête. Des prédateurs peuvent également limiter la propagation d’une espèce-réservoir en même temps que le pathogène.

Mais s’il y a moins d’espèces présentes et moins diversifiées, c’est le déséquilibre : le manque d’espèces « culs-de-sac » et de prédateurs favorise le développement des agents pathogènes entre espèces-réservoir. Si l’on ajoute la destruction du milieu naturel et le rapprochement des humains des zones sauvages, c’est la rencontre assurée. Ce phénomène, rencontré pour certaines maladies dans certains écosystèmes, coexiste avec des effets d’amplification de la circulation de pathogènes dans des milieux particulièrement riches et divers, car les pathogènes font partie de la biodiversité. Le fonctionnement des écosystèmes repose sur des équilibres subtils qu’il faut éviter de perturber par la destruction d’habitats, le prélèvement ou l’introduction d’espèces et la multiplication des contacts de la faune avec l’Homme.

Finalement, toutes nos activités humaines qui portent atteinte à la biodiversité et aux écosystèmes génèrent un risque accru de transmission à l’Homme d’organismes potentiellement dangereux. Ces agents pathogènes, naturellement présents chez la faune sauvage, participent en effet à l’équilibre entre espèces sans forcément représenter un risque… jusqu’à ce que nos modes de vie facilitent leur multiplication et les rapprochent de nous ou de nos animaux domestiques.

Quelles stratégies de prévention ?

À chaque arrivée d’une maladie à l’échelle mondiale, une stratégie de lutte se met en place : développement d’un traitement (vaccinal ou médicamenteux), limitation des déplacements, désinfection des lieux.., etc. Mais cela ne suffit pas toujours, comme l’a montré la propagation rapide du virus responsable de la Covid-19. Pour compléter cette stratégie de lutte en réponse à l’apparition d’une crise sanitaire, des initiatives sont engagées pour la prévenir et anticiper les réponses à apporter et les besoins de nos sociétés, à la fois en période de crise et d’intercrise.

Elles portent sur toute la chaîne de l’action publique : recherche et innovation ; prévention en amont ; préparation à la gestion de crise, à la communication ; éducation et formation ; développement de capacités industrielles soucieuses de minimiser les impacts environnementaux.

L’initiative PREZODE a été lancée par la France lors du One Planet Summit biodiversité du 11 janvier 2021. Elle a pour ambition de mobiliser les acteurs de la recherche et du terrain dans toutes les régions du monde, autour de cet objectif de prévenir les zoonoses à la source, dès l’apparition de l’étincelle que constitue la transmission d’un pathogène de l’animal sauvage à l’Homme ou l’animal domestique, et avant qu’elle se propage comme un feu de forêt sous forme d’épidémie, puis de pandémie.

C’est aussi l’objectif du Conseil d’experts de haut niveau « Une seule santé » créé l’an dernier pour conseiller les organisations internationales (OMS, OIE, FAO, PNUE) sur la prévention des pandémies à l’échelle mondiale.

La plateforme intergouvernementale scientifique et politique sur la biodiversité et les services écosystémiques (IPBES) a publié des vidéos explicatives sur la prévention des pandémies et les causes de la pandémie Covid-19

La prévention des pandémies

Les causes de la pandémie Covid-19

Ce qu’il faut retenir : le message d’alerte des experts de l’IPBES ! Pour échapper à l’« ère des pandémies » et réduire les risques de pandémies plus fréquentes, plus mortelles et plus coûteuses, il faut s’attaquer aux facteurs de risques, notamment à la déforestation et au commerce des animaux sauvages : l’impact économique actuel des pandémies est 100 fois supérieur au coût estimé de leur prévention.

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